切り離した組織を元の組織が管理した状態で独自の判断は可能か？

essaさんの退却戦としての治安維持(ネットに関わる領域における)のあり方 - アンカテというエントリーで、グレーゾーンの犯罪？行為に対して、警察や検察本体から切り離した組織を作って対応すべきだ、と述べられています。

とにかく、その時点での世論の動向に乗っかってグレーゾーンに手を出すとヤケドする、というのは、もはや法則として確定している。

だから、こういうことの善悪を裁定する機関は、次のような性質の別の機関(「情報なんとか委員会」みたいなもの)にまかせた方がいいと思う。

・どうやっても権威が失墜し批判が多いことを想定して、警察や検察本体から切り離す
・多少拙速でもいいから状況の変化にすばやく対応できる身軽さが必要
・対象領域や原理原則を明確化して、その原理原則はきちんと政治的な承認を得る
・その機関の運用自体の透明性、公平性を警察、検察が外からチェックする

この主張は、イノベーションのジレンマという本で述べられている原理と重なっていて、すごく面白いです。
イノベーションのジレンマでは、大企業がうまくいくんだかいかないんだかよく分からないイノベーション（グレーゾーン）に対して、どのように臨むべきかを述べています。著者いわく、

• 使い道が未知数のイノベーションの市場は、概して規模が小さいので成功しても売上が小さい。このため、大企業の構造上リソースは配分されない。このことを想定して、その市場に臨む組織を企業本体から切り離すべきである。
• その組織には、市場の変化にすばやく対応できる身軽さが必要。

ただ、本では「その分離した組織の運用を元の企業が管理してはならない」と述べられています。その理由は、分離した組織に求められるのはベンチャーとしての軽やかさであり、元の企業が管理しては大企業の意思決定プロセスに毒されてしまうから、と述べられています。
この理論を正しいと仮定しますと、essaさんが最後に主張されている

• 「情報なんとか委員会」みたいな機関の運用自体の透明性、公平性を警察、検察が外からチェックする

が実施されれば、機関ではなく警察や検察の判断で善悪が裁定されてしまう、という危険性が指摘できるのではないでしょうか。
しかしこの指摘が正しいとしたら、「じゃあ聞くが、完全な独立性を与えてその機関が暴走しかけた時に誰が止めるのさ」という問題が出てきます。本来は裁判所がその役割を担うべきなんでしょうが、ライブドアショックで見られるように、日本では裁判前の逮捕ないし起訴された時点で社会的に抹殺されてしまう、つまりは裁判が始まる前に暴走がほぼ完結してしまうので、裁判所が暴走監視の役割を担うのは難しいでしょう。
となると、暴走監視用の第三者機関を作るしかないですかねえ。『「情報なんとか委員会」を監視する委員会』とか。でもそれでは『「情報なんとか委員会」を監視する委員会』を監視する委員会が必要になり、さらにそれを監視する組織が必要になり・・・・と、無限に組織が必要になりかねないですね。うーん、ちょっと対案が出ないです・・。